Ze względu na stan traktów drogowych ważną rolę w transporcie masowym odgrywał spław rzeczny. Rzeki takie jak Wisła, San, Bug, Narew, Niemen, Warta, Pina, Dniepr czy Dźwina oraz kanały Królewski bądź Augustowski stanowiły podstawowe arterie komunikacyjne Rzeczypospolitej. Głównym portem docelowym był Gdańsk, mniejszą rolę odgrywały Elbląg, Lipawa, Rewel i Ryga. Sezon żeglugowy trwał od marca do listopada. Spławiano głównie drewno i produkty przemysłu leśnego, a przede wszystkim zboże, którego transport organizowali magnaci, szlachta, duchowieństwo, mieszczaństwo, a nawet zamożniejsi chłopi pomorscy. Na 246 procesów sądowych w sprawie nadużyć przy sprzedaży zboża w Gdańsku w XVI i XVII wieku, w 209 przypadkach (~85%) mowa jest o sługach przewożących zboże pańskie, a tylko w 37 przypadkach (15%) przewoźnikami byli szlachcice-właściciele].
Szlachta średnia i drobna organizowała spław zwykle przy pomocy czeladzi i chłopów pańszczyźnianych, rezygnując z wynajmu drogich, bo zorganizowanych w cechy, zawodowych flisaków (naliczających koszt spławu od 6% wartości przewożonego towaru wzwyż]), a zadowalając się jedynie zatrudnieniem jednego fachowca-retmana, który był zobowiązany doprowadzić kilka szkut z chłopami-flisami do miejsca przeznaczenia. Szlachta miała tu przewagę nad mieszczaństwem, które musiało korzystać z zawodowych flisaków, a ponadto nie było zwolnione od ceł.
Towary spławiano rozmaitymi pojazdami wodnymi: od dużych wiosłowo-żaglowych szkut i dubasów po proste komięgi, barki i tratwy. Ich obsługę stanowił zespół fachowców. Najważniejszym z nich był kierownik spławu (szyper), któremu podlegali: pilot (retman), sternicy i stanowiący personel podstawowy flisacy (oryle).
Szkuty służyły też komunikacji pasażerskiej. Bywało, że całe dwory magnackie podróżowały w ten sposób. Gdy król Zygmunt III Waza wybierał się w roku 1594 do Szwecji, z Warszawy do Gdańska płynął Wisłą, by tam – w Twierdzy Latarni – przesiąść się na statek pełnomorski. Należy też wspomnieć o zastosowaniu transportu wodnego w innych celach: na przykład w XVI wieku z Krakowa do Warszawy spławiono Wisłą nagrobek ostatnich książąt mazowieckich, Stanisława i Janusza.
Dużo mniej popularna była żegluga morska. Poza zamieszkującymi wybrzeże rybakami i marynarzami na morze zapuszczali się nieliczni. Nawet główne miasto portowe, Gdańsk, nie posiadało większej floty i korzystało przeważnie z usług obcych armatorów: w drugiej połowie XV i na początku XVI wieku koszt przewozu towaru morzem przekraczał najczęściej połowę jego wartości. Same statki też były kosztowne; przeciętny wiek ich służby nie przekraczał 2-4 lat, a liczne opłaty portowe i celne, podatki i żołd marynarzy wymagały sporych nakładów, na co mogli sobie pozwolić tylko najbogatsi z gdańskich kupców.
Polacy niechętnie wyprawiali się na morze, znacznie pewniej i bezpieczniej czując się na lądzie.